Никаких новых вариантов COVID-19 не было выявлено в Китае по время последней вспышки инфекции

Анализ генома 413 новых случаев заражения Covid-19 в период, когда Китай отменил свою строгую политику борьбы с пандемией, предполагает, что все они были вызваны уже существующими штаммами.

Пандемия COVID-19 продолжается уже почти 3 года и остается глобальной проблемой. Учитывая широкое распространение и непрерывную эволюцию SARS-CoV-2, во всем мире появилось множество вариантов патогена.  Каждое появление новых вариантов вируса, таких как альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (P.1), дельта (B.1.617.2) и омикрон (B.1.1.529), вызвало многочисленные волны распространения вспышек инфекции на планете.

Омикрон был впервые выявлен в Южной Африке и у него наблюдалось беспрецедентное количество мутаций и повышенная трансмиссивность. Он быстро вытеснил другие варианты вируса, совместно циркулирующие по всему миру и увеличил диверсификацию вирусных линий.

С уменьшением патогенности субвариантов омикрона, популяризацией вакцинации и накоплением опыта профилактики и контроля, Китай скорректировал и оптимизировал стратегии профилактики и контроля для COVID-19 в середине ноября 2022 года. После отмены строгой политики инфекционного контроля, названной 'динамичной политикой нулевого уровня COVID', которая включала массовое тестирование, строгие карантинные протоколы и контроль за передвижением, рост числа случаев заболевания вызвал опасения, что могут появиться новые SARS-CoV-2.7–10. После корректировки политики профилактики в Китае до декабря 2022 года наблюдалось быстрое развитие эпидемии. Населенный 21 миллионом жителей Пекин стал одним из китайских городов с самым высоким числом случаев заболевания. Эта ситуация привлекла внимание всего мира, и вызвала опасения по поводу того, не вызвана ли эта вспышка появлением новых вариантов SARS-CoV-2. Китай вел долгосрочный и непрерывный мониторинг SARS-CoV-2 на геномном уровне, чтобы контролировать пространственно-временное распределение циркулирующих вариантов SARS-CoV-2, чтобы иметь возможность реагировать на продолжающуюся пандемию COVID-19.

При оценке лабораторно подтвержденных случаев SARS-CoV-2 в Пекине случаи с положительным результатом теста на оба гена-мишени (открытая рамка 1ab и нуклеокапсидный белок) были классифицированы как подтвержденные с помощью лабораторных исследований случаи. В иных случаях результаты оценивались как отрицательные или неубедительные, для подтверждения которых потребовались дополнительные тесты. Всего с 1 января по 30 ноября 2022 года в Пекине было зарегистрировано 39 007 случаев инфекции. После изменения политик профилактики заболевания, наблюдалось заметное увеличение случаев инфицирования с 14 ноября 2022 года.

В течение года, варианты вируса 21L (BA.2.2.1) и 22B (BF.7 и BA.5.2) доминировали в Пекине. При этом вариант 22B (BF.7 и BA.5.2) стал абсолютно доминирующим в Пекине после середины ноября 2022 года. На вариант BF.7 приходилось 75,7% случаев, в то время как BA.5.2 (16,3%) и BA.5.1 заняли второе и третье места по распространенности. Среди амбулаторных и госпитализированных пациентов доминирующим штаммом был BF.7 в обеих группах и не наблюдалось никакой существенной разницы в соотношении штаммов вируса между амбулаторными и госпитализированными пациентами.

Дальнейший филодинамический анализ показал, что после 14 ноября 2022 года в связи с отменой строгих ограничений произошло увеличение генетического разнообразия в пределах двух линий BA.5.2 и BF.7. Однако для BA.5.2 и BF.7 были обнаружены различные схемы диверсификации. Эффективная численность популяции BA.5.2 существенно не изменилась в период с 14 по 25 ноября, но резко увеличилась примерно 30 ноября, в то время как показатель BF.7 постепенно увеличивался с 14 ноября. Внезапное увеличение заболеваемости BA.5.2 в Пекине согласуется с возросшим количеством случаев заражения BA.5.2 примерно к 30 ноября.

Кроме того, не было обнаружено ни одного нового штамма SARS-CoV-2, циркулирующего в столице Китая во время недавнего подъема заболеваемости. С другой стороны, версии SARS-CoV-2, доминирующие на международном уровне в течение того же периода, включая XBB и BQ.1, не были обнаружены в инфекциях в Пекине. Хотя данные были проанализированы только в Пекине в 2022 году, а не на материковом Китае, авторы исследования утверждают, что данные репрезентативны для страны в целом.

Следовательно, жизненно важно проводить своевременный и непрерывный крупномасштабный мониторинг мутаций во время эпидемий путем секвенирования как можно большего числа геномов SARS-CoV-2, насколько это возможно, чтобы любые новые варианты, которые могут появиться, были обнаружены как можно скорее. Мир остро нуждается в своевременных геномных и других данных (например, надежных данных о заболеваемости и смертности) из всех регионов Китая, как и из любого другого места на планете. Оперативный и беспрепятственный поток жизненно важных данных является ключом к противодействию продолжающейся пандемии COVID-19 и многим другим угрозам здоровью.